Su disegni di un ottimo architetto, la villa fu eretta nel 1615; committente e proprietario l'ecclesiastico comense Marco Gallio.

L'edificio poggia su un terreno gravido di storia. Pare vi sorgesse la dimora di Plinio il Giovane, all'epoca dell'antica Roma, e Paolo Giovio nel Cinquecento, nei pressi, e cioè sulla minuscola isoletta di Vico, unita poi alla terraferma, aveva il suo celebre Museo.

Dai Gallio ai Rezzonico, quindi ai Fossano nel 1772. Da questi al nobile milanese Gaetano Bellotti che aveva sposato Teresa Crivelli Visconti. Entrambi fieramente anti-austriaci, fecero sì che la villa diventasse luogo di incontri segreti per i molti italiani ansiosi di libertà.

Dai Bellotti ai baroni Leonino, quindi, nel 1901, ai signori Crespi di Milano. E' un edificio con sale affrescate dal Morazzone ed un parco che si estendeva oltre il Borgo Vico, quasi raggiungendo la sommità della collina retrostante.

Nel 1957 Villa Gallia è stata acquistata dall'Amministrazione Provinciale di Como.